Formado como montador en la Escuela de Cinematografía y Artes Visuales de la Universidad de León, Carlos Prieto comenzó su carrera profesional con el colectivo artístico Piensan las Manos. En 2005 se muda a Barcelona donde empieza trabajando como montador en varios documentales del programa de TVE Documentos TV.

Después continúa su carrera como freelance, siempre muy vinculado al mundo de la no ficción, montando películas documentales como Bicicleta, Cullera, Poma (Goya al Mejor Documental – Forqué al Mejor Documental – Premio al Mejor Montaje en el  Festival de Cine Ceará del Brasil), El Reino de Mister Edhi (Fipa de Plata 2012 – Premio Télérama 2012), Serrat y Sabina, el Símbolo y el Cuate (Secció Especial Festival de Cine de San Sebastian – Sección Oficial FIGC), Petitet (premio del público Festival DocsBarcelona y Premio Gaudí al Mejor Documental), Ciudades a Contraluz (Premio al mejor montaje en FICG tv) y Balandrau (película inaugural Festival DocsBarcelona), entre muchas otras.

En el mundo de la ficción ha sido montador de largometrajes como La Mort de Guillem (Premio Gaudí a Mejor Película para TV) y 13 Dies d’Octubre (Premio Gaudí a Mejor Película para TV), entre otros. También fue nominado a los premios Feroz por el tráiler de 10.000 KM y ganador de un Premio Proyecta a Mejor Tráiler por Les Amigues de l’Àgata.

Es miembro fundador de AMMAC.